二氧化氯發生器之所以能消滅藻類植物，是因為它能制備藻類植物的“化學天敵”二氧化氯。而二氧化氯對藻類植物有很好的滅火作用，它非常容易溶于水，但它不和水發生任何反應，也不會以二聚或多聚形式存在。一般二氧化氯在水中會以中性分子出現，并迅速擴散到帶有負電荷的藻細胞外表，并快速滲透到細胞中，通過改變苯環而破壞藻類的生物活性，然后二氧化氯再以同樣的的方式作用于藻類的吡咯環，并使其不能進行光合作用，終止細胞的新陳代謝，最終達到消滅藻類植物的目的。